В этом исследовании авторы провели моделирования, чтобы исследовать динамику молекулярного уровня двух подобных молекул, связывая с ДНК. Первым является фермент, специализированный на ремонте ДНК, названный ДНК (6-4) photolyase и другим cryptochrome, который является очень близко к photolyase структурно, но имеет совершенно другую биологическую функцию и неспособен признать повреждение ДНК.Авторы нашли, что энергия связи между ДНК (6-4) photolyase и ДНК намного ниже, чем это между cryptochrome и ДНК. Это происходит из-за электростатических взаимодействий между положительными зарядами на поверхности белка photolyase и отрицательно заряженной основе ДНК.
Команда поняла важность нескольких заряженных остатков аминокислоты в ферменте, названном K246 и R421, которые отсутствуют в cryptochrome. Они нашли, что R42 специально предназначен, чтобы сохранять нити ДНК на поврежденном месте в кармане ремонта фермента отдельными.