Все в семье: Сосредоточенные геномные сравнения: проект Aspergillus всего рода подчеркивает новые функциональные методы аннотации генома

В исследовании издал неделю от 8 января 2018 на Слушаниях Национальной академии наук, команды во главе с исследователями в Датском техническом университете (DTU), САМКА Joint Genome Institute (JGI), Офис САМКИ Научного Пользовательского Средства и Сустав САМКИ, Институт BioEnergy (JBEI), во главе с Национальной лабораторией Лоуренса Беркли (Berkeley Lab), сообщает о первых результатах долгосрочного плана упорядочить, аннотировать и проанализировать геномы 300 грибов Aspergillus. Эти результаты – доказательство понятия новых методов, чтобы функционально аннотировать геномы, чтобы более быстро определить гены интереса.«Это – первый результат от крупномасштабного упорядочивания 300 + разновидности Aspergillus», сказали соавтор исследования Игорь Григорьев, заголовок Грибковой Программы Геномики JGI. «Со стратегическим сдвигом JGI к функциональной геномике это исследование иллюстрирует несколько новых подходов для функционального описания генов.

Много подходов полагаются на эксперименты и идут ген геном через отдельные геномы. Используя Aspergillus, мы упорядочиваем много тесно связанных геномов, чтобы подчеркнуть и сравнить различия между геномами. Сравнительный анализ тесно связанных разновидностей с отличными метаболическими профилями может привести к относительно небольшое количество определенных для разновидностей вторичных генных групп метаболизма, которые будут нанесены на карту к относительно небольшое количество уникальных метаболитов».В исследовании команда упорядочила и аннотировала 6 разновидностей Aspergillus; 4 были упорядочены, используя Тихоокеанскую платформу Биологических наук, произведя очень высококачественные собрания генома, которые могут служить справочными напряжениями для будущих сравнительных исследований геномики.

Сравнительный анализ, включающий эти геномы и другие геномы Aspergillus – несколько из которых были упорядочены JGI – был тогда проведен и разрешен команду, чтобы определить биосинтетические кластеры генов для вторичных метаболитов интереса.«Одной из вещей, которые мы нашли, чтобы быть интересными здесь, было разнообразие разновидностей, на которые мы смотрели – мы выбрали четыре, которые были отдаленно связаны», сказал ведущий автор исследования Микаэль Р. Андерсен, профессор в DTU. «С тем разнообразием прибывает также химическое разнообразие, таким образом, мы смогли найти гены-кандидаты для некоторых очень разнообразных типов комплексов. Это было основано на новом аналитическом методе, который развивала тот первый автор Инге Кяербеллинг. Кроме того, мы также показали, как укрепиться, сказали предсказания для данного комплекса, упорядочив дополнительные геномы разновидностей, которые, как известно, произвели комплекс.

Ища гены нашел во всех разновидностях производителя, мы можем изящно точно определить гены».Изучите соавтора Скотта Бейкера, грибкового исследователя в Экологической Молекулярной Научной Лаборатории, Офис САМКИ Научного Пользовательского Средства, расположенного в Тихоокеанской Северо-западной Национальной лаборатории и члене Подразделения Разрушения JBEI, объяснил, почему нахождение генов-кандидатов для разнообразных комплексов имеет значение. «Вторичные метаболиты важны, потому что они представляют такую интересную и новую химию относительно биосинтеза молекул, которые могли быть биотопливом, предшественниками биотоплива или биопродуктами», сказал он. «В то время как это – значительное усилие определить структуры очищенных вторичных метаболитов, это часто относительно прямо. Однако соединение этих молекул к их биосинтетическим путям может быть довольно сложным. Мы показываем, что использование сравнительной геномики может эффективно привести к разумным предсказаниям кластеров генов, вовлеченных в биосинтетические пути».

Григорьев добавил, что до настоящего времени, приблизительно 30 геномов Aspergillus были изданы, еще 25 геномов общедоступны от грибкового портала геномов JGI Mycocosm, и более чем 100 геномов упорядочиваются и анализируются.


Назад

Охота на микробы или обоняние яда: вопрос эволюции

Далее

Новая обнаруживающая ген технология приближает новую, эластичную суперпшеницу

14 комментариев

  1. Веселова Ника

    Знаю, но местные живут в достатке. Родился там малыш, ему на счёт сразу падает 25000 баксов.

  2. Ельцин Виктор

    Просто кроме Крыма и Донбасса больше нет таких городов, где критическая масса этнических русских. Остальные себя украинцами считают, а не россиянами.

  3. Perihelm

    КНДР – не столь отдаленное будущее ТС. В Беларуси вон уже практики КНДР воплощаются вовсю. Больше трех не собираться, запрещать апплодировать, в политических целях активно используется карательная психиатрия, за политические анекдоты сажают, уже запрещают увольняться по собственному желанию под угрозой лагерей, да ещё и вскоре хотят 100$ сдирать за выезд за границу.

  4. Trueshaper

    Пардон, у него ник Нерусь вон из Малороссии.

  5. Пишенина Лилия

    Хотя нет! Карачаево-Черкессия. Посёлок Свинячий. Так вот ты где!

  6. Гершкович Ефрем

    А батальон мафия и рэкет где?

  7. Flameterror

    Да ты отстёгиваешь ежемесячно из своих налогов Дерипаске на новую виллу в Майами.

  8. Букирь Артур

    Советский союз в том числе его армия не сделали народ счастливым. Посему всегда стоит расставаться с тем, что не делает человека счастливым.

  9. Кожевина Кристина

    Затем. Для помощи в правильной имплементации таких стандартов.

  10. Марина Казимировна

    США – это вообще страна иммигантов, где можно встретить и Джона Зозулю и Майкла Смирноффа.

  11. Путинов Глеб

    Ни хера себе Сралин в юбке. Может ты ещё за политические анекдоты сажать предложишь, лярва?

  12. Mazugar

    Я Виорику не могу оставить. Я её люблю.

  13. Красенков Петр

    Я в Киеве не живу. Я из Винницы.

  14. Goldwalker

    Так і є. Ось в Литві їх заборонили і правильно зробили. Там за заперечення сталінських репресій 2 роки в’язниці, а за комуняцьку символіку – 300 євро штрафа. І в Україні таке важе давно треба зробити.

Добавить комментарий