Как мы связаны? Легкий технологический процесс, чтобы найти семейства генов

Соавтор, Уилфрид Хэерти объяснил, почему этот инструмент так полезен для биологов: «Программное обеспечение, разработанное в Институте Earlham, позволяет ученым исследовать разновидности интереса, используя гибкий и восстанавливаемый трубопровод. Исполнение нашего технологического процесса было оценено на позвоночных собраниях генома различных качеств (утконос, свинья, лошадь, собака, мышь и человек).

Разновидности были отобраны, чтобы оценить воздействие качества генома на идентификации семейств генов. Мышь, собака и геномы человека имеют высокое качество, тогда как эти три других на различных стадиях аналитического завершения».На основе и существующий Генный трубопровод Деревьев EnsemblCompara расширяющегося Энсембла, технологический процесс GeneSeqToFamily удаляет много сложных предпосылок процесса, таких как необходимость использовать командную строку, чтобы установить большое количество отдельных инструментов, преобразовывая целый процесс в Галактику; намного более простая платформа, чтобы использовать.

Значительно, технологический процесс очень настраиваем, позволяя пользователям выбрать параметры, инструменты изменения и управлять программным обеспечением на их собственных генах, не имея необходимость использовать базу данных Ensembl.Не только технологический процесс, GeneSeqToFamily содержит много новых, автономных инструментов Галактики, включая TreeBeST, hcluster_sg, T-кофе и ETE. Развитый в EI Анилом Тэнки и Николой Соранцо из Data Infrastructure Group, программное обеспечение делает процесс из нахождения и создания филогенетических деревьев легче, используя диапазон открытых платформ и баз данных.

Анил Тэнки, Научный Программист, сказал: «Мы счастливы поместить нашу работу в открытую область, где это позволяет биологам и bioinformaticians использовать Трубопровод Ensembl Compara GeneTrees в простом, графическом интерфейсе пользователя и изменять его в случае необходимости».Команда надеется, что новый технологический процесс поможет пользователям, незнакомым со сложностями, связанными с использованием Compara быть в состоянии более легко проанализировать филогенетические наборы данных, сопоставляя много полезных инструментов семейства генов в одном технологическом процессе Галактики.

Пользователи могут или выбрать существующие базы данных Ensembl, чтобы использовать в качестве множеств элементарных исходов для их анализа или обеспечить их собственные данные в том же самом формате, и инструменты – то, при условии, что может помочь.Институт Earlham стремится обеспечивать инструменты и алгоритмы, чтобы поддержать, позволить и развивать вычислительную биологию и исследование наук о жизни, с проектами, такими как помощь Галактики к открытому доступу к диапазону научных инструментов и баз данных.

Группа Инфраструктуры Данных, во главе с доктором Робом Дэйви, также поддерживает ресурсы, такие как CyVerse Великобритания и COPO, которые, вместе с Галактикой, расширяют доступность и удобство использования вычислительных ресурсов более широкому научному сообществу в Великобритании и на международном уровне через Национальную Способность EI в электронной инфраструктуре.


Назад

Древний рис объявляет новое будущее для производства риса: Уникальная генетика дикого австралийского риса может помочь повысить продовольственную безопасность

Далее

Между строками: Годичные кольца держат подсказки о прошлом реки

14 комментариев

  1. Фунтусов Вячеслав Тимурович

    В Беларусь сейчас вообще никому лучше не соваться. Там чуваку дали 3 года тюрьмы за критику ментов.

  2. Balladollador

    Я винничанин и я знаю больше, чем ты. Он с рэкетом не связан как ПР.

  3. Игорь Самуилович

    Я живу и буду жить в родной украинской Виннице.

  4. Янаев Вячеслав

    А ты чеченский членосос.

  5. Goldwing

    О! Киселятины насмотрелся..

  6. Molv

    Да, оплатят. И операцию в том числе.

  7. Шустелёв Никон

    В Беларуси вон за презрительное апплодирование Лукашенко сажают. Совкодрочка махровая.

  8. Brightsmith

    А если он в Ужгороде. Думаешь, что они аж туда дойдут?

  9. Megul

    Программисты выступили против режима Лукашенко и сказали, что обнародуют всю личную переписку ментов, ОМОНОвцев, КГБшников, да и всех чинуш Лукашенко и вся Беларусь и мир об этом узнает и вся эта переписка будет служить уликой за преступления режима Лукашенко. Вот так они продинамят Лукашенко и потопят его режим. Сила – не главный аргумент в 21-м веке. Главный аргумент – ум.

  10. Колотилов Константин

    В Словакии питание недорогое.

  11. Поливанова Яна

    Дурачьё вы совкодрочки,

  12. Чупахин Егор

    Гоп-стоп это вы. Моторыла был реальный гоп-стопяра.

  13. Галкин Игорь

    10 000 баксов в год для Новой Зеландии пшик.

  14. Akisar

    Я в Праге кастомер сервис эйджент в Ай. Би. Эм.

Добавить комментарий