Pneumocystis jirovecii – грибковая инфекция, вызывающая пневмонию, часто у пациентов с ослабленным иммунитетом, например, недавно перенесших трансплантацию. До 2019 года Марван Азар, доктор медицины, FAST, и его коллеги из отделения внутренней медицины и отдела инфекционных заболеваний не были свидетелями вспышки пневмоцистной пневмонии в Йельской больнице Нью-Хейвена (YNHH). Несмотря на генетически подтвержденные вспышки во многих регионах, включая Канаду, Европу и Японию, таких случаев в США никогда не было.
Однако в 2019 году врачи из службы трансплантологии и инфекционных заболеваний в YNHH начали замечать, что они наблюдали много случаев пневмоцистной пневмонии среди пациентов, перенесших трансплантацию почки. Азар отметил, что "в период с 2012 по 2018 год, за шестилетний период, у нас было всего четыре случая пневмоцистоза у пациентов с трансплантацией почки. А затем внезапно, в мае 2019 года, мы начали замечать неофициальный всплеск – мы наблюдали около 19 случаев пневмоцистоза. Очевидно, как врачи мы знали, что что-то не так."
Они поняли, что у них на руках может быть вспышка. После того, как шесть или семь пациентов прошли тестирование на пневмоцистис, они сформировали специальный комитет для эпидемиологического расследования, начиная с определения случая заболевания. В основном, каковы предполагаемые случаи? По мнению Азара и его коллег, подозреваемые случаи включали любого человека с подозрением на пневмоцисту, который был реципиентом почечного трансплантата.
"При регистрации количества посещений клиники мы заметили, что люди, которые посещали больше, имели тенденцию к повышенному риску заражения пневмоцистом," сказал Азар. Это привело ко второй части исследования, исследование случай-контроль, в котором сравнивали пациентов с пневмоцистом с пациентами того же возраста и года после трансплантации, которые не болели пневмоцистом, и сравнивали факторы риска, такие как возраст, белатасепт. (иммунодепрессант для пациентов с трансплантацией почки, который требует ежемесячных инфузий в клинике трансплантологии), расу и тип индукционной терапии, отсюда. Они обнаружили, что "Белатасепт был фактором риска, но еще более важным фактором риска было количество посещений клиники. Мы обнаружили, что люди, которые принимали белатасепт, чаще посещали клинику, потому что им нужно было получить инфузию. Так что, возможно, белатасепт – это всего лишь прокси для еще одного более независимого фактора риска."
Заключительной частью исследования было генетическое исследование. Врачи Йельского университета сотрудничали с Национальными институтами здоровья (NIH), которые выполнили генетическое секвенирование следующего поколения, секвенировав весь геном пневмоцистиса.
В целом они собрали около девяти успешно усиленных образцов. Азар заметил, "Мы были действительно ошеломлены, обнаружив, что вместо одного штамма генетической вспышки, описанного ранее в литературе, было несколько кластеров одновременно. Таким образом, казалось, что передавался не один штамм Pneumocystis, а несколько." Примечательно то, что не только было несколько штаммов, но и пациенты были одновременно инфицированы несколькими штаммами Pneumocystis. Почти невероятно, но был один пациент, инфицированный семью разными штаммами.
После обсуждения клиницисты представили информацию об исследовании в Transplant Nephrology QAPI. Они пришли к решению создать комиссию, в которой они будут идентифицировать всех пациентов с низким абсолютным количеством лимфоцитов и проспективно начать их профилактику, чтобы заблокировать продолжающуюся передачу. Они также обсуждают вопросы профилактики инфекций с Ричардом А. Мартинелло, доктор медицины, и Скотт Робертс, доктор медицины, MSCI, которые специализируются на передаче инфекционных заболеваний по оценке систем вентиляции в клинике трансплантологии.
По сравнению с предыдущими исследованиями, в которых не проводилось секвенирование следующего поколения и, вероятно, их сравнение ограничивалось определенными наборами генов, Азар считает, что "один из основных выводов состоит в том, что секвенирование следующего поколения следует рассматривать как потенциальный, важный инструмент в будущих исследованиях вспышек пневмоцистоза, а также других аналогичных возбудителей, передающих от человека человеку." А также они отметили очень большой интервал между трансплантацией и развитием Pneumocystis. Среднее значение составляло около 18 месяцев. Азар засвидетельствовал, что "Основываясь на увеличивающейся заболеваемости спорадической пневмоцистой после трансплантации, появилось новое движение, стремящееся к пожизненной профилактике."
Команда, возглавляемая Азаром и Марикаром Малинисом, доктором медицины, FACP, FIDSA, FAST, старшим автором, опубликовала свои выводы в "Генетический и эпидемиологический анализ вспышки пневмонии, вызванной Pneumocystis jirovecii, среди реципиентов трансплантата почки в США," опубликовано в журнале “Клинические инфекционные болезни”.
Самым большим выводом для Азара стало сотрудничество, направленное на понимание и смягчение последствий эпидемии. Описывая рабочий процесс, он вспоминает, "Первоначально его возглавляла компания Infectious Disease, при очень тесном участии нефрологии. Мы встречались вместе. Аптеки сыграли ключевую роль в помощи нам в ведении записей о инфузиях, дозах, времени, когда пациенты были в клинике, а когда нет. Второй автор, Элизабет Коэн, фармацевт D, и я много работали над анализом. Нам пришлось привлечь статистиков из Йельской школы общественного здравоохранения. Сотрудничали с NIH. Все это заняло больше года работы."
И, безусловно, для врача, который возвращался в Йель четыре раза – от студента-медика из Ливана до постдокторской исследовательской стипендии и стипендии по инфекционным заболеваниям, а теперь, как доцент медицины, эти усилия среди Йельских отделений и врачей это яркий пример того, почему он продолжает возвращаться. "Это действительно замечательный микс людей, которые дружелюбны, но в то же время действительно удивительные ученые и клиницисты. В Йеле очень дружелюбная атмосфера. Мы все работаем вместе," Азар усмехнулся. "С тех пор, как я приехал в Соединенные Штаты, это было первое место, которое я назвал своим домом. И это почти как запечатленный утенок, я думаю, он запечатлелся на мне."