Признание причинной связи между мутациями в генах BRCA1 и BRCA2 и повышенным риском развития рака груди и яичников усилило потребность в генетическом тестировании. Выявление мутаций в этих больших генах обычными методами может занять много времени и дорого. В отчете в ноябрьском выпуске журнала молекулярной диагностики описывается новый метод с использованием технологии секвенирования второго поколения, который так же чувствителен, как и стандартная методология, но может повысить эффективность и продуктивность лабораторий генетического тестирования.
"В нашей лаборатории примерно 25% пациентов с высоким риском, которые проходят тестирование BRCA1 или BRCA2, дадут результат, имеющий реальную или неоднозначную связь с наследственным риском рака, и поэтому тестирование этих мутаций является важным инструментом для выявления людей, которым было бы полезно превентивное лечение. хирургия или усиленное наблюдение за раком груди," говорит ведущий исследователь Али Карсан, доктор медицинских наук, из Центра геномных наук и отдела патологии Агентства по борьбе с раком Британской Колумбии.
Доктор. Карсан, который говорит, что его учреждение в настоящее время ежегодно получает более 500 запросов на такое генетическое тестирование, ожидает, что спрос будет расти, а время ожидания увеличится по мере расширения осведомленности общественности, особенно после таких известных пациентов, как Анджелина Джоли. Спрос будет способствовать выявлению дополнительных подозрительных генов и открытию генетических факторов, позволяющих прогнозировать реакцию на новые методы лечения. В результате возникает необходимость в более быстром и недорогом тестировании с дополнительными аналитическими возможностями.
Повышенная эффективность разработанной методики дает пациентам дополнительные преимущества. Исследователи предполагают, что больше женщин смогут пройти тестирование, в том числе тех, у кого в семейном анамнезе не было рака груди или яичников. Еще одно потенциальное преимущество будет заключаться в том, что с помощью одного теста можно проанализировать большее количество участков генома, что позволяет одновременно анализировать другие гены, которые также могут вносить вклад в предрасположенность к раку груди или яичников.
Исследователи предупреждают, что чем больше женщин проходят генетическое тестирование, тем выше вероятность обнаружения вариантов неизвестного значения или случайных открытий. Они предупреждают, что интерпретация этих вариантов может быть сложной и трудоемкой, поэтому следует разработать процедуры для сообщения этих результатов врачам и пациентам.
Технические детали исследования
Секвенирование следующего поколения (NGS) относится к технологиям, которые разделяют способность параллельного секвенирования миллионов шаблонов ДНК. Термины секвенирование второго поколения (и третьего поколения) используются для описания эволюции технологии секвенирования от первого поколения, дидеокси-секвенирования по Сэнгеру. Ожидается, что новые технологии секвенирования ДНК окажут значительное влияние на обнаружение, лечение и лечение генетических заболеваний, таких как рак яичников и груди.
Анализ секвенирования второго поколения, описанный в текущем отчете, использует автоматизированную ПЦР малых ампликонов с последующим объединением образцов и секвенированием с помощью прибора второго поколения. Считалось, что выбранная область-мишень охватывает большинство изменений патогенных последовательностей в BRCA1 и BRCA2.
Исследователи протестировали анализ с использованием набора из 91 образца геномной ДНК пациента, 48 из которых были отобраны ретроспективно и 43 проспективно. Сравнивая свои результаты с результатами, полученными с помощью стандартной методологии дидезокси-секвенирования, исследователи обнаружили 100% соответствие между двумя методами без ложноположительных или ложноотрицательных прогнозов. Этот метод обеспечил высококачественный охват последовательностей во всех целевых регионах со средним охватом более 4000 раз для каждой объединенной выборки. После некоторых технических корректировок (таких как установка параметра максимальной глубины на произвольно высокое значение 500000 с помощью программного обеспечения SAMtools и выбор 100000 в качестве порогового значения для выравнивания на цели), метод оказался чувствительным и специфичным для обнаружения вариантов в генетических последовательностях.