Упорядоченный геном микробовой суперзвезды

Генетики расшифровали генетический код наиболее изученного микроорганизма в мире, бактерия, названная кишечной палочкой. Как сообщается в завтрашней проблеме Науки*, геном этой лабораторной рабочей лошади и обыкновенного патогена является 4,6 миллионами пар азотистых оснований долго, делая его самым большим бактериальным геномом упорядоченный до настоящего времени.

Эта ДНК включает 4 288 генов, 40% которых являются полными тайнами, говорит Фредерик Блэттнер, группа которого в университете Висконсина, Мадисона, начала работать к этой цели почти 15 лет назад.В течение многих десятилетий микробиологи, биохимики, генетики и биологи клетки изучали этот легко выращиваемый организм для получения понимания биохимических работ жизни. Позже, патогенное напряжение в испорченном мясе сделало E. coli общеизвестным именем.

Много исследователей надеются, что полный генетический код безвредного напряжения поможет им понять то, что делает это новое напряжение настолько смертельно.Уже, частичный E. coli последовательности, что Blattner и, независимо, японская бригада внесла в общественной базе данных, дали исследователям вкус того, насколько ценный такие данные могут быть. Матчи между новыми генами от других разновидностей, включая млекопитающих и эти E. coli последовательности часто помогали исследователям прикрепить имя и функцию на их открытиях.

Теперь, с полным геномным обзором, исследователи могут начать формировать четкую картину из полной биологии coli E. «Наличие этого полного комплекта инструкций получает нас один шаг ближе к пониманию, как свободный организм функционирует», указывает Фрэнсис Коллинз, директор Национального научно-исследовательского института генома человека (NHGRI) в Молитвенном доме, Мэриленд.Бригада Блэттнера начала свой длинный проект расшифровки в 1990, после получения одного из первых грантов, предоставленных предшественником NHGRI, Центром Генома человека. Во-первых, исследователи разбили E. coli хромосома в маленькие части, которые могли использоваться для строительства карты генетических ориентиров вдоль ДНК. Они тогда начали упорядочивать фрагменты генома и использовали ориентиры своей карты для надлежащей организации фрагментов.

К концу 1994 бригада Блэттнера закончила 1,4 миллиона основ и закончила упорядочивать оставление 2,6 миллионами к январю 1997. По пути Блэттнер и его коллеги искали новые гены путем сравнения недавно упорядоченной ДНК с генами уже в публичном акте. «Мы обнаруживали новые вещи каждый день», говорит Блэттнер.

Теперь, когда у исследователей есть полный генетический код coli E., они могут использовать информацию для нахождения протеинов, заполняющих метаболические пути или которые трудно идентифицировать иначе. Они могут также сравнить организацию генетического материала coli E. с тем из некоторых из других микроорганизмов, упорядоченных до сих пор — дрожжи пекарей, Saccharomyces cerevisiae; хеликобактер пилори, бактерия, ответственная за большинство случаев язв кишечника; и Methanococcus thermoautotrophicum, организм, процветающий в горячих источниках, например. (Списки законченных и происходящих геномов доступны в: http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdb.html или http://www.mcs.anl.gov/home/gaasterl/genomes.html) «Существует много экспериментов, что Вы можете сделать это, Вы не могли сделать прежде», говорит Ричард Робертс, молекулярный биолог в New England Biolabs в Бостоне.

* Для получения дополнительной информации Наука Онлайновые подписчики может связаться с полным текстом Статьи Исследования.

4 комментария

Добавить комментарий